【NPO法人 同胞法律・生活センター通信 No. 505】法条文上は、更新期間を過ぎると「１年以下の懲役又は２０万円以下の罰金」という処罰規定が設けられており、海外にいたから処罰しないといった例外規定を設けているわけではありません。
しかしながら出入国在留管理庁が自治体に対して示しているQ&Aでは「再入国許可による入国後に速やかに特別永住者証明書の有効期間更新申請をしていただくことになります」という説明がなされています。つまり、日本に戻り次第、あまり間を置かずに更新申請に行けば問題にしないということです。筆者が最近、同庁に確認してもこのような返答をされているので、運用上は、まず心配しなくていいということだと思います。
ただ法条文上、処罰規定がある以上、恣意的に厳格適用されてしまう余地も皆無とは言い切れません。長期間海外渡航するような場合は、日本からの出国が更新期間（有効期間満了日の２ケ月前。但し、１６歳時の更新は６カ月前）前でも更新可能ですので、リスクを避けるためにも、更新をして出国しておくことをお薦めします。
また、海外にいながらも日本にいる取次者等を通じて有効期間更新申請をすることも可能なので、ご心配な方にはこの方法をとることをお薦めします。
なお、言うまでもないことかもしれませんが、再入国許可期間内に戻らないと基本的に特別永住者資格自体が剥奪されますのでご注意ください。